40 - Planète / Sciences

 
Une souche de la grippe aviaire donne l'alerte alors que le virus H5N1 décime la faune sud-américaine
[Bird flu strain raises alarm as H5N1 virus kills South American wildlife]
par Jake Spring, édité par Katy Daigle et Bill Berkrot
Reuters - 13 mar 2024
https://www.reuters.com/business/environment/bird-flu-strain-raises-alarm-virus-kills-south-american-wildlife-2024-03-13/  

SAO PAULO - Le virus mortel de la grippe aviaire H5N1 s'est propagé de manière plus agressive que jamais chez les oiseaux sauvages et les mammifères marins depuis son arrivée en Amérique du Sud en 2022, augmentant le risque qu'il évolue vers une menace plus grande pour les humains, selon des entretiens avec huit scientifiques.
Une préoccupation plus immédiate est la preuve que la maladie, autrefois largement confinée aux espèces d'oiseaux, semble se propager entre les mammifères. Cette souche a déjà tué une poignée de dauphins au Chili et au Pérou, quelque 50.000 phoques et otaries le long des côtes et au moins un demi-million d'oiseaux dans toute la région.

Pour confirmer la transmission de mammifère à mammifère, les scientifiques devront probablement tester les infections sur des animaux vivants. "C'est presque certainement arrivé", a déclaré Richard Webby, virologue au St. Jude's Children's Research Hospital de Memphis (Tennessee). "Il est assez difficile d'expliquer certaines de ces infections importantes et de mourir sans propagation de mammifère à mammifère". La souche est apparue chez des dizaines d'espèces d'oiseaux, y compris certaines espèces migratrices, ce qui peut la propager au-delà de la région, ont déclaré des scientifiques à Reuters.

À mesure que le changement climatique s’intensifie, les animaux seront contraints de se déplacer vers de nouveaux territoires, se mélangeant les uns aux autres de nouvelles manières et augmentant éventuellement les possibilités de mutation supplémentaire du virus. "C'est une question de temps avant que vous détectiez la première souche sud-américaine en Amérique du Nord", a déclaré Alonzo Alfaro-Nunez, écologiste viral à l'Université de Copenhague.

Risque humain
L'inquiétude croissante a incité les 35 pays de l'Organisation panaméricaine de la santé (PAHO) à convoquer des experts et des responsables régionaux de la santé lors d'une réunion cette semaine à Rio de Janeiro. Le groupe envisage de créer la première commission régionale au monde pour superviser les efforts de surveillance et de réponse à la grippe aviaire, a déclaré un responsable de l'OPS à Reuters. Cela n’a pas été signalé auparavant.

Depuis que le virus a été détecté pour la première fois en Colombie en octobre 2022, deux cas humains ont été signalés sur le continent, un en Équateur et un au Chili. Les deux provenaient d’une exposition à des oiseaux infectés. Bien que ces patients aient survécu, la grippe aviaire H5N1 est mortelle pour les humains dans environ 60 % des cas dans le monde.

Il est peu probable que l'OMS augmente le niveau de risque pour les humains par rapport au niveau "faible" actuel sans preuves de transmission interhumaine ou de mutations adaptées aux récepteurs humains, ont déclaré les experts. Les fabricants de médicaments, dont GSK et Moderna, ont déclaré qu'ils développaient des vaccins contre la grippe aviaire pour les humains et qu'ils avaient la capacité de produire des centaines de millions de doses en quelques mois en utilisant lignes de production utilisées pour les vaccins contre la grippe saisonnière. "Nous constatons que (le virus) fait de petites étapes évolutives qui évoluent à long terme vers une infection humaine potentielle", a déclaré Ralph Vanstreels, un chercheur de l'Université de Californie à Davis qui étudie les variantes sud-américaines du H5N1.

Chaque année, la péninsule Valdés, en Argentine, sur la côte atlantique balayée par les vents, regorge d'éléphants de mer densément peuplés élevant leurs bébés. En novembre dernier, Vanstreels a découvert une scène sinistre: des centaines d'éléphanteaux morts et en décomposition sur la plage. Les chercheurs estiment que 17.400 jeunes sont morts, presque tous nés dans la colonie cette année-là. Selon les scientifiques, il est très peu probable que chacun de ces jeunes ait été infecté par des oiseaux. Ils n'ont généralement de contacts qu'avec leur mère, ce qui amène les scientifiques à soupçonner que c'est ainsi que la maladie se propage.

Vanstreels fait partie d'un groupe de scientifiques travaillant à retracer les mutations génétiques du virus en Amérique du Sud. Dans un projet de document publié sur le site web des Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis, ils ont analysé des échantillons d'otaries, de phoques et d'oiseaux provenant de la côte de la péninsule Valdés. En comparant les génomes de ces échantillons avec ceux collectés en Amérique du Nord en 2022 et en Asie plus tôt, l’équipe a identifié 9 nouvelles mutations. Les mêmes mutations ont été trouvées dans des échantillons collectés en 2022 et 2023 au Chili et au Pérou, qui ont également été touchés par une mortalité massive d’otaries et d’oiseaux. "C'est la première fois que ce virus est aussi adapté à la faune sauvage", a déclaré Vanstreels. "De toute évidence, quelque chose s'est produit au Pérou et dans le nord du Chili, où ces nouvelles mutations ont été acquises".

Dans le projet de document, les chercheurs ont noté que les mêmes mutations étaient présentes dans l'un des deux cas humains du continent, un homme de 53 ans qui vivait à un pâté de maisons du bord de mer où se rassemblaient les oiseaux marins. Les chercheurs ont déclaré que cette affaire « met en évidence la menace potentielle que représentent ces virus pour la santé publique ».

Réponse regionale
Avec la réunion des responsables de la santé et des experts à Rio cette semaine, les pays d'Amérique latine seront pressés de renforcer la surveillance des maladies dans la nature. Les données fragmentaires et les ressources limitées de la région ont amené les scientifiques à avoir du mal à comprendre comment la maladie se propage dans la nature, le nombre de cas étant probablement beaucoup plus élevé que celui signalé. Certains cas ne sont ni échantillonnés ni testés en laboratoire, ont indiqué les scientifiques. La Bolivie, par exemple, n'a enregistré aucun cas dans la nature l'année dernière, bien que la maladie ait été détectée dans les pays voisins, a déclaré Manuel Jose Sanchez Vazquez, coordinateur épidémiologique du centre de santé vétérinaire de l'OPS.

La gestion de la réponse à la maladie peut également être complexe, a noté M. Sanchez. Les menaces contre les humains sont traitées par les responsables de la santé publique, tandis que les menaces contre la volaille ou le bétail incombent aux autorités agricoles ou vétérinaires. En ce qui concerne les animaux sauvages, la responsabilité incombe généralement aux responsables de l'environnement.

La nouvelle commission régionale, qui devrait être annoncée jeudi, aurait pour objectif d'établir des protocoles standard pour le suivi, le traitement et le signalement des cas entre les différentes agences gouvernementales. Cela pourrait également aider à mettre en commun les ressources des laboratoires, a déclaré M. Sanchez. "Nous sommes inquiets et vigilants", a déclaré M. Sanchez. "Plus le virus s'adapte aux mammifères, plus il est probable qu'il soit transmis à l'homme".

Mystérieuse hécatombe d'oiseaux marins sur les plages du Chili
AFP, Sciences & Avenir - 03 jun 2023
https://www.sciencesetavenir.fr/nature-environnement/mysterieuse-hecatombe-d-oiseaux-marins-sur-les-plages-du-chili_171710  

Au moins 3.500 oiseaux marins ont été retrouvés morts depuis le 26 mai sur les plages du nord du Chili, selon les autorités qui enquêtent sur ce phénomène mais écartent l'hypothèse de la grippe aviaire. Les oiseaux affectés sont des cormorans des Bougainville, dénommés cormorans guanay en Amérique du Sud, au plumage noir et blanc. Des centaines de cadavres ont été ramassés sur les plages de Coquimbo, à environ 400 km au nord de la capitale Santiago, par les fonctionnaires du Service de l'agriculture et de l'élevage (SAG) local équipés de combinaisons de sécurité biologique, à quelques mètres des nombreux hôtels, restaurants et casinos de cette région de villégiature.

Le résultat des analyses, connu vendredi, écarte la grippe aviaire, a déclaré à l'AFP le directeur du SAG de Coquimbo, Jorge Mautz. Mais les causes de l'hécatombe restent pour l'heure inconnues. Il y a "quelque chose qui se passe dans la mer" et qui tue ces oiseaux, qui plongent dans l'océan pour pêcher leurs proies, a spéculé M. Mautz. Le phénomène a surpris les habitants de la région. "On n'avait jamais vu ça. C'est impressionnant, tous ces petits oiseaux morts", s'est désolé auprès de l'AFP Edison Alfaro, un pêcheur de 47 ans.

Depuis décembre 2022, le Chili est durement frappé par la grippe aviaire, qui a déjà décimé environ 10 % de sa population de manchots de Humboldt, une espèce vulnérable, et des milliers d'autres oiseaux. Un homme de 53 ans est par ailleurs devenu fin mars le premier humain à être contaminé par la maladie dans le pays, et reste à ce jour hospitalisé.

Grippe aviaire: Des cas ont été détectés aux deux pôles
par Jason Bittel
Géo - 08 mar 2024
https://www.nationalgeographic.fr/animaux/epidemie-grippe-aviaire-des-cas-ont-ete-detectes-aux-deux-poles-arctique-antarctique 

Une souche particulièrement virulente du virus H5N1 a décimé des colonies entières d’oiseaux marins et d’éléphants de mer de l’Alaska à l’Antarctique. Selon les spécialistes, le virus reste pour l’heure sans danger pour l’Homme.

Un ours blanc a récemment été testé positif en Alaska à une souche hautement pathogène de l’influenza aviaire, une première pour l’espèce. Plusieurs oiseaux marins prédateurs ont succombé la semaine dernière au virus H5N1, non loin de la station de recherche de l’Argentine sur l’Antarctique. C'est aussi la première fois que des cas de grippe aviaire sont recensés sur le continent de glace.

Aucune région du globe n’est épargnée par la reprise de l’épidémie, avec des dizaines d’espèces d’oiseaux et de mammifères infectées de l’Afrique à l’Asie, en passant par l’Europe. La dernière souche du virus serait même « extrêmement mortelle » et « plus contagieuse » si l’on en croit un article paru dans la revue Nature.

C’est en 1996, dans un élevage d’oies du Guangdong, en Chine, que les scientifiques ont identifié pour la première fois le virus de l'influenza aviaire. Plusieurs épidémies saisonnières se sont depuis déclarées aux quatre coins du monde. Potentiellement mortel, le virus se transmet par les liquides organiques d’oiseaux sauvages contaminés, son principal vecteur, aux élevages de volailles. Ces derniers doivent alors procéder à des abattages massifs de leurs animaux pour tenter de contrôler la propagation de la maladie.

En France, depuis la détection du premier cas en novembre 2023, les autorités ont recensé des cas de grippe aviaire chez les oiseaux domestiques et sauvages sur l’ensemble du territoire. Aux États-Unis, le virus avait infecté plus de 82 millions d’oiseaux en date du 6 mars 2024 selon les U.S. Centers for Disease Control and Prevention (Centres pour le contrôle et la prévention des maladies).

Depuis 2003, 20 pays ont rapporté 882 cas humains d’influenza aviaire, dont plus de la moitié se sont avérés mortels. Le risque actuellement posé par le virus aux personnes est néanmoins considéré comme faible. Ce qui n’empêche pas plusieurs spécialistes de faire preuve de prudence au regard de la situation actuelle et de souligner le potentiel pandémique de l’agent pathogène. « Le virus de l’influenza aviaire est un électron libre », explique Andrew Derocher, biologiste à l’université d’Alberta, au Canada, qui étudie les ours blancs depuis 40 ans.

S’il estime que la mort de l’ursidé ayant contracté la maladie soit « quelque chose d’exceptionnel », il reconnaît que cela pourrait être « désastreux » pour l’espèce, déjà en danger d’extinction. Avec le réchauffement de l’Arctique et la débâcle de la banquise qui survient de plus en plus tôt, davantage d’ours blancs devront aller sur la terre ferme, où ils sont susceptibles de se nourrir d’oiseaux ayant succombé au virus. « Que les ours blancs puissent contracter la maladie m’inquiète », reconnaît-il.

Et le roi de la banquise n’est pas le seul concerné. Le virus H5N1 pourrait aussi avoir de graves conséquences pour des espèces qui souffrent déjà d’une série de facteurs de stress anthropiques, comme la pollution, le changement climatique, la réduction de leur habitat et la prolifération des espèces envahissantes. « Les animaux sauvages sont des vecteurs, cela va sans dire », observe Jude Lane, scientifique de la conservation à la Royal Society for the Protection of Birds (Société royale de protection des oiseaux) du Royaume-Uni. « Mais ce sont aussi des victimes », ajoute-t-il.

« Le ciel était vide »
La plupart des années, il règne sur l’île écossaise de Bass Rock un brouhaha sans nom. Les fous de Bassan nicheurs sont si nombreux sur le rocher que ce dernier en devient blanc. Mais en 2022, lorsque les scientifiques sont arrivés sur l’île pour procéder au recensement annuel des oiseaux, c’est un spectacle désolant qui les attendait.

« Bass Rock était la plus grande colonie au monde [de fous de Bassan, NDLR]. Elle grouillait de vie. Le rocher était comme vivant », rapporte le scientifique de la conservation. « Mais lorsque le virus a frappé, l’île est immédiatement devenue silencieuse ». Au cours des semaines et des visites qui suivirent, les chercheurs ont vu un tapis vivant de volatiles se transformer en patchwork. « Les oiseaux mourraient à nos pieds. Et le ciel était vide », se souvient Jude Lane de la conservation.

Les scientifiques estiment qu’une souche particulièrement virulente du virus H5N1 a tué des milliers d’oiseaux dans 40 des 41 colonies de fous de Bassan étudiées en Europe. Des colonies qui représentent 75 % des sites de nidification de l’espèce dans le monde. À Bass Rock, l’occupation des nids a chuté de 71 %.

Les données collectées à l’aide de balises GPS ont aussi révélé un nouveau comportement pour le moindre étrange: dès le début de l’épidémie, plusieurs fous de Bassan se sont envolés vers des colonies voisines, quelque chose que les oiseaux ne font habituellement pas. Il se peut donc, s’ils étaient infectés par le virus, qu’ils l’aient transmis à de nouvelles populations, participant ainsi à un phénomène de super propagation aviaire.

« Les éléphants de mer, ça ne se noie pas »
Un évènement similaire impliquant des éléphants de mer du Sud s’est produit un an et demi plus tard à l’autre bout du monde, dans la péninsule de Valdés, en Argentine. C’est là que se trouve la seule colonie continentale de l’espèce. Les plages s’apparentent à une fosse où des mâles gigantesques mesurant 6 mètres de long se disputent des harems composés de femelles bruyantes et de leurs petits. Mais en 2023, elles semblaient être le théâtre d’un naufrage.

« Nous avons trouvé des plages silencieuses jonchées de carcasses », raconte Marcela Uhart, vétérinaire spécialiste de la faune à l’université de Californie à Davis, qui a travaillé en Patagonie argentine pendant 35 ans. « Des animaux de tout âge, jeunes et vieux, entassés sur la plage, alors que nous aurions dû voir des bêtes vivantes et en bonne santé ». La plupart des éléphants de mer qui s’accrochaient encore à la vie étaient des veaux, malades et seuls. « Lorsque la marée est montée et alors que nous quittions les lieux, certains d’entre eux se sont retrouvés dans l’eau. Ne parvenant pas à en sortir, ils se sont noyés », se souvient la vétérinaire. « On parle d’éléphants de mer. Les éléphants de mer, ça ne se noie pas », ajoute-t-elle.

De retour au laboratoire, l’analyse des prélèvements effectués a confirmé que les phocidés avaient succombé à une souche très infectieuse du virus H5N1. Selon Marcela Uhart et son équipe, environ 17 400 veaux, soit 96 % des jeunes nés en 2023, sont morts. Comme chez les humains, les cas les plus graves peuvent entraîner une défaillance systémique des organes ainsi que des troubles neurologiques. Le virus s’est ensuite transmis aux oiseaux marins qui s’étaient nourris des carcasses. La vétérinaire raconte qu’il y avait tant de sternes mortes au sol que les goélands ont commencé à utiliser leurs cadavres pour fabriquer leur nid.

Marcela Uhart est également autrice d’un rapport édifiant sur la mortalité liée à la grippe aviaire chez les animaux en Amérique du Sud. Entre octobre 2022 et novembre 2023, le virus a tué près de 600.000 oiseaux et plus de 50.000 mammifères appartenant respectivement à au moins 82 et 10 espèces différentes, principalement au Pérou et au Chili. « C’est inédit en Amérique du Sud ou en Antarctique », souffle la vétérinaire.
Alors que des mammifères sauvages d’Amérique du Nord, notamment des lynx, des grands dauphins, des phoques gris, des coyotes et des moufettes, ainsi qu’une myriade d’oiseaux, notamment les pygargues à tête blanche, les colverts et les grands-ducs d’Amérique, ont contracté la maladie, aucun évènement macabre de cette envergure n’a été rapporté dans la région pour l’instant.

Le Département de l’Agriculture des États-Unis (USDA) surveille la situation comme le lait sur le feu. Entre le 5 et le 26 février 2024, des cas de grippe aviaire ont été détectés chez des animaux sauvages dans 15 États, de la Californie à la Floride, en passant par le Maine. Plus d’une dizaine d’États ont conjointement confirmé des infections chez plus de 90.000 volailles de basse-cour et commerciales. Un chiffre peu élevé si on le compare aux plus de 9,5 millions de poulets et 208 millions de dindes abattus chaque année aux États-Unis, précise Shilo Weir, porte-parole de l’Animal and Plant Health Inspection Service (Service d’inspection sanitaire des animaux et des plantes) de l’USDA. « Il est important de souligner que le nombre de cas [de grippe aviaire] a diminué en 2023 par rapport à 2022 », indique-t-elle dans un e-mail. Cette diminution serait due à la mise en œuvre de mesures de biosécurité plus strictes, qui évitent la propagation du virus d’une exploitation à l’autre, ajoute-t-elle, mais aussi au fait qu’« il y a moins de virus dans l’environnement ».

Maîtriser le virus autrement
Que faire pour endiguer cette épidémie ? Pas grand-chose, malheureusement.
Si la vaccination de condors de Californie, une espèce sauvage et en danger critique d’extinction, a été expérimentée contre le virus, les conditions logistiques nécessaires à la vaccination d’autres populations, qu’elles soient sauvages ou domestiques, ne sont pas encore réunies. « Cette solution n’est pas à écarter, mais il me paraît fou d’essayer de vacciner une colonie de fous de Bassan », remarque Jude Lane.

Marcela Uhart estime que les vaccins pourraient protéger certains animaux sauvages, mais précise que le développement de ces produits a été avorté en raison des controverses qui entourent la santé humaine. « Je trouve qu’il est de plus en plus inacceptable de nos jours d’être prêts à abattre des milliards de poulets dans le monde pour contrôler une maladie que nous pourrions maîtriser autrement », explique-t-elle. Pendant ce temps, le virus continue de se propager, de s’adapter et de muter. Selon la vétérinaire, certaines souches pourraient ainsi être plus susceptibles d’infecter les mammifères, nous y compris. « Il s’agit de la zoonose la plus répandue et d’un virus présentant toutes les caractéristiques nécessaires à une propagation pandémique », conclut-elle.

Inquiétude après la détection de premiers cas de grippe aviaire en Antarctique
par Simon Rozé
RFI - 27 fev 2024
https://www.rfi.fr/fr/environnement/20240227-inqui%C3%A9tude-apr%C3%A8s-la-d%C3%A9tection-de-premiers-cas-de-grippe-aviaire-en-antarctique 

Responsable de la mort de millions d'oiseaux depuis 2021, le virus H5N1 a pour la première fois été détecté sur le continent blanc, où il pourrait faire des ravages parmi les colonies de manchots et oiseaux. Ce sont deux cadavres d'oiseaux qui suscitent beaucoup d'incertitude. Deux labbes, trouvés non loin de la base de recherche argentine Primavera, sur la péninsule Antarctique. Morts de la grippe aviaire qui décime les populations d'oiseaux du monde entier depuis deux ans (...).

« On assiste aux prémices d'un grave impact sur les populations aviaires en Antarctique », explique Thierry Boulinier, directeur de recherche CNRS au Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive de Montpellier. « Nous ne sommes encore sûrs de rien, mais on peut s'attendre à de très fortes conséquences, notamment sur les colonies les plus denses ». C'est notamment le cas des manchots, qui se reproduisent dans des colonies de plusieurs milliers d'individus. « Il y a également des espèces qui nichent en beaucoup plus faible densité, mais qui se nourrissent sur ces populations de manchots. C'est le cas par exemple du labbe brun, qui se nourrit par prédation ou sur des cadavres. Cela peut conduire à une exposition à des maladies », précise Thierry Boulinier. « Le problème, c'est de déterminer combien de temps cela prendra avant d'observer une transmission vers d'autres espèces comme les manchots », explique au journal The Guardian Antonio Acalmí, du conseil national de recherche espagnol, et qui a testé les carcasses de labbes. « Je pense que cela se produira certainement. Mais il faut surveiller ».

En effet, mis à part observer et documenter le drame en train de se dessiner, les scientifiques se retrouvent démunis, sans mesures de prévention ou de mitigation, à plus forte raison sur un territoire aussi isolé que l'Antarctique. « Il y a beaucoup de choses à faire en termes de recherche et de surveillance », avance Thierry Boulinier, « mais oui, nous sommes démunis ». Le travail de recherche est néanmoins primordial, pour comprendre comment se répand le virus: « Des membres de mon équipe étaient sur les îles Malouines où H5N1 est arrivé cet hiver. On y trouve de grosses colonies d'albatros à sourcils noirs, et de manchots gorfou sauteurs. La mortalité concernait quelques individus au départ, puis est devenue plus grande. Mais à certains endroits, elle n'a pas explosé. Ce n'est pas évident de prédire ce qui va se produire et par quelles espèces va passer la transmission », poursuit le chercheur.

Les craintes sont néanmoins fondées; une équipe de chercheurs anticipait dans un article publié en novembre dernier que si le virus de la grippe aviaire commençait à circuler dans les populations de manchots antarctiques, cela constituerait l'une des plus importantes catastrophes écologiques de l'ère moderne.

07/06/2024 >> L’OMS annonce la mort d'un premier cas humain de H5N2, au Mexique, le 24 avril. Selon le ministère mexicain de la Santé, l'homme souffrait « de maladie rénale chronique, de diabète de type 2 » et, « depuis longtemps, d’hypertension artérielle systémique ». « Il s’agit d’un décès multifactoriel et non d’un décès attribuable au virus H5N2 », a déclaré un porte-parole de l’OMS, lors d’un point de presse à Genève. Aucun autre cas n’a été détecté parmi ses contacts, à l’hôpital ou sur son lieu de résidence. « L’infection par le virus H5N2 fait l’objet d’une enquête pour déterminer s’il a été infecté par une personne lors d’une visite ou par un contact antérieur avec des animaux », a indiqué le porte-parole de l’OMS.

Cette mort intervient après la découverte en mars de cas de H5N2 chez des volailles d’élevage dans l’État du Michoacán, qui borde l’État de Mexico où vivait la victime. La souche H5N2 est différente de celle (H5N1) en lien avec l’épidémie en cours chez les vaches aux États-Unis, et pour laquelle 3 cas humains ont été rapportés.

16/07/2024 >>  4 nouveaux cas humains de grippe aviaire ont été confirmés aux Etats-Unis [Colorado] par les autorités sanitaires, ce qui porte à 8 le nombre de personnes infectées depuis le printemps [1 au Texas + 2 au Michigan + 1 au Colorado]. Les personnes contaminées sont quatre "ouvriers agricoles" travaillant dans le même élevage de volailles,. Un 5e cas est également soupçonné et doit encore faire l'objet d'analyses pour être confirmé. Le risque pour la population américaine reste "faible", ont toutefois souligné les Centres de prévention (CDC). Les travailleurs contaminés souffrent de "conjonctivite" et de "symptômes grippaux". Les experts s'inquiètent du nombre croissant de mammifères infectés par la maladie. Ils craignent qu'une forte circulation ne facilite une mutation du virus qui lui permettrait de passer d'un humain à un autre.